Esta dependencia surgió como necesidad de contar en el departamento con un espacio autónomo de gestión, luego de los talleres realizados en el marco del Plan Estratégico Local 2008-2020 de los que tomaron parte las autoridades municipales, representantes de la Unión Iberoamericana de Municipalistas, la Universidad Nacional de San Juan, el gobierno provincial, cámara de productores y empresarios y comerciantes.
También participaron las instituciones intermedias, organizaciones no gubernamentales, entidades deportivas y culturales del departamento que efectuaron diversos aportes.
La sede de la Agencia se ubica en calle Uriburu, a unos 50 metros al sur de la plaza La Libertad, del departamento.
El día 3 de Mayo en el Salón Cerdera de la Casa de Gobierno se entregaron los proyectos ganadores del Programa Nacional de Apoyo al Empresariado Joven Capital Semilla.